經濟部工業局主導開發的臺南科技工業區，原為濱海鹽田和四草濕地，每年有黑面琵鷺等候鳥來臺渡冬，規劃初期引起很大爭議，經保育團體努力爭取，臺南市政府於民國83年11月30日，將工業區周邊約515公頃劃設為「四草野生動物保護區」，為生態環境保存和物種保育留下寶貴土地。
四草野生動物保護區分成A1、A2、A3三個不相連的區域，臺17線濱海公路與工業區北端，科技五路交會口西側50公頃的A1區，是臺灣第一個以高蹺為主要保護對象所規劃的高蹺繁殖區，市府委託臺灣濕地保護聯盟營造營巢、覓食等環境，原以西伯利亞為主要棲息地的高蹺，每年冬天南飛覓食，3至7月繁殖期後，8、9月間陸續北返。
但鳥友觀察發現，愈來愈多高蹺在四草繁殖後留下定居，估計約半數從過境候鳥變成留鳥，如今隨時都可看到高蹺身影。民國95年底臺南東區扶輪社授證40周年，在成大安南校區水工試驗所對面繁殖區路口捐建賞鳥亭，裏面有首詩這麼寫著：「臺南，我回來了／回到四草／抖落滿身的風塵／卸下僕僕的風霜／如是／悠哉遊哉！」也許是高蹺戀上四草的寫照吧。
科工區東邊南端本田路以南直到嘉南大圳排水線以北，約335公頃的A2保護區，由舊鹽灘、魚塭、灌木叢和潮溝形成多種濕地型態，生態非常豐富。當地魚塭冬季收成放乾後，池底殘存魚類和底棲生物是水鳥的最愛，常見各種鷸科、鷺科和雁鴨科，夏天有許多鷗科，潮溝更是秧雞科、翠鳥最好棲息地。位於科工區的西半部，接近鹿耳門溪出海口西岸，西北、東南狹長地形130公頃的A3濕地保護區，也有許多魚塭、灌木叢和潮溝，出海口河海交會處鹽分較低、水流緩慢，退潮時常有群鳥和招潮蟹，爭食魚蝦貝類等底棲生物。俗稱「港仔西」的城西木麻黃防風林，許多喜鵲築巢，並有鷺科棲息。
四草原為淤積而成的海埔新生地，魚塭、鹽灘、溝渠構成臺灣四大濕地之一，紅樹林和鹽生性植物提供鳥類、魚貝、螃蟹等棲息繁殖環境。因介於陸域和水域之間，底棲生物豐富，眾多野生鳥類覓食，更成為候鳥遷徙補充體力的「中繼站」，四草地區有紀錄的鳥因此多達約200種。臺灣黑水溝保育學會常務理事黃永豐說，民國98年統計全世界黑面琵鷺2065隻，11月有1000多隻飛到七股度冬，另有376隻棲息四草；黑面琵鷺與高蹺、反嘴並稱「四草三寶」。
臺南市政府約聘四草野生動物保護區管理員林明欽說，科技工業區開發造成四草濕地縮減，保護區顯得彌足珍貴，市府公告禁止騷擾、虐待、獵捕野生動物，也禁止採集、砍伐植物、汙染破壞環境，或捕魚、垂釣等行為，違反者處新臺幣5萬元以上25萬元以下罰鍰，希望大家共同珍惜這處國際級濕地，好好疼惜保護水鳥和各種動植物。
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