媽祖樓位於忠孝街尾，原為清代臺灣軍工道廠的出口河道，叫做「哨船港」，也是府城大西門外五條港北方的河道。地方耆老口傳，廟址原來是一個工寮，先民自大陸移居此地時，將媽祖香火安放在工寮的閣樓上，離去時未把香火帶走；而後來的住民與往來五條港的船隻常於夜間看見紅色毫光，引導船隻平安航行，追查發現是工寮閣樓中的湄洲媽祖香火，認為是媽祖顯靈的結果。故在清乾隆20年（西元1755年）眾人集資建廟，因為是媽祖香火安奉閣樓上而建此廟，故命名為「媽祖樓」，現列為歷史建築。媽祖樓曾經多次修建，廟中壁間石碑，碑文記錄清道光年間修建廟宇的過程，其中建廟的捐資備材與百工匠作之各項細節帳目，樣樣鉅細靡遺，讓人讀來猶如神遊古境，親身經歷建廟的過程。

　　媽祖樓正當忠孝街路衝，一轉進忠孝街後，抬頭遠望即可見媽祖樓，就像當年傳說般，航行在河道上的船隻，看到發出紅色燈光指引方向的香火閣樓，指引著大家往媽祖樓天后宮前去。