藥王廟草創於臺灣收入清朝版圖的第二年（清康熙24年，西元1685年），在清代是府城重要的七寺八廟之一，第二次世界大戰期間，美軍大肆轟炸臺南，藥王廟片瓦無損，卻在民國58年因馬路拓寬而拆除正殿、後殿，只剩下前殿。民國75年重建，即為今貌。

　　現在的藥王廟是一棟樓高3層的廟宇，由於進深很淺，顯得細而高，一樓的三川殿與正殿幾乎合而為一。正殿保存有清乾隆53年（西元1788年）臺灣知府楊廷理進獻的「福壽我民」匾，以及臺澎水陸官兵事務健勇巴圖魯蔡攀龍敬獻的木刻對聯。正殿除了供奉3尊藥王大帝神像外，左側供奉頗具傳奇性的媽祖金身；右側供奉臺廈道梁文科和臺灣道蔣允焄2人的長生祿位；三樓則有清嘉慶和道光年間的石香爐。廟前供奉五營兵馬處也立著一對清道光18年（西元1838年）刻立的舊廟柱及對聯；廟後亦立一塊清道光18年「重修藥王廟碑記」的石碑，文物保存完整豐富。藥王廟會供奉媽祖金身，有一段曲折的故事。

　　清咸豐3年（西元1853年），北港媽到府城大天后宮進香，剛好發生戴潮春之亂，府城實施戒嚴，此時由北港南下的進香隊伍也到了府城，官方為防止盜匪假扮香客乘機混入府城，於是阻止進香隊伍入城，北港媽只好轉往城外的藥王廟駐駕過夜，天亮後始由大西門進入府城，到大天后宮進香。此後，北港媽祖到府城進香，都會先到藥王廟過夜，藥王廟為了迎接北港媽，因此供奉了一尊接駕的香案媽。